Il primo insediamento nella zona risale al 1496, quando Bartolomeo Colombo, fratello del più noto Cristoforo, esplorava la zona della foce del fiume Ozama per conto dell’esercito spagnolo. La fondazione ufficiale, tuttavia, risale a due anni più tardi, il 5 agosto 1498, nell’area orientale rispetto al fiume. Nel 1502 la città venne trasferita nella sua posizione attuale da Nicolás de Ovando. La città di Santo Domingo è comunque il più antico nucleo fondato dagli europei nel nuovo mondo ancora esistente. Il disegno originale della città oggi è visibile nella Zona Coloniale, dichiarata Patrimonio dell’umanità dall’UNESCO; vi sono ancora edifici del sedicesimo secolo, tra i più antichi delle Americhe, tra cui i primi uffici amministrativi e la prima cattedrale del Nuovo Mondo.
Nel suo primo secolo di vita Santo Domingo è stato il punto di partenza di molte esplorazioni nel nuovo mondo. Nel corso dei successivi secoli, diverse traversie hanno gradualmente ridotto l’importanza di questo scalo a favore di altri porti caraibici. Nel 1586 il pirata inglese Francis Drake invase l’intera isola Hispaniola, radendo al suolo la città e liberandola solo dopo il pagamento di un riscatto.
Nel 1655 i francesi invasero il sud-ovest dell’isola e la parte dell’isola controllata dagli spagnoli si ridusse di più della metà.
Nel 1822 gli Haitiani, sotto la guida di Jean Pierre Boyer, invasero l’isola e la conquistarono interamente, ma 22 anni più tardi, dopo dure lotte, i dominicani riuscirono a riconquistare l’indipendenza: fu proprio un gruppo di patrioti comandato daJuan Pablo Duarte, Francisco Sánchez e Ramón Mella, infatti, ad entrare trionfalmente nella città attraverso la Puerta del Conde il 27 febbraio 1844, proclamando l’indipendenza da Haiti.